Gromaconline

教程上面的一个关于

peptide

的模拟的教程：

模拟的对象是一种由胰脏分泌的消化酶

RibonucleaeA

被

ubtiliin

（枯草杆菌蛋白酶）切割后产生的

S

多肽复合物，叫

RibonucleaeS-

peptide

，具有催化活性。由于

RibonucleaeS-peptide

这种小的肽链在水

溶液中含有大量的

alpha

螺旋结构，所以针对这种小肽链人们展开了很多

实验和理论方面的研究。

关于－

peptide

的所有文件都在目录

tutor/peptide

之中。我们可以

从蛋白数据文库当中获得所需的关于

-peptide

的初始结构的文件。事实

上，

RibonucleaeS

有很多的结构，我们只从中挑选了一个结构，取其头

20

个残基作为切割后的－

peptide

的结构存入

184peptide.pdb

文件中。

可以用命令

morepeptide.pdb

来浏览

pdb

文件的内容。

如果有像

ramol

这样的分子作图程序，还可以将分子在屏幕上显示出

来：

ramolpeptide.pdb

用

Gromac

进行分子动力学模拟的七个必要步骤：

1.

将

pdb

文件转换成一个

Gromac

结构文件（

.gro

）和一个

Gromac

拓

扑文件（

.top

）；

2.

将蛋白（多肽）溶解

(inwater)

；